马格德堡大学设有9大学院：

1、机械工程学院（Faculty of Mechanical Engineering,FMB）

2、程序和系统工程学院（Faculty of Process & Systems Engineering, FVST）

3、电子工程学和信息技术学院（Faculty of Electrical Engineering and Information Technology, FEIT）

4、计算机科学院（Faculty of Computer Science, FIN）

5、数学学院（Faculty of Mathematics, FMA）

6、自然科学学院（Faculty of Natural Science, FNW）

7、医学院（Faculty of Medicine, FME）

8、人文社会科学和教育学学院（Faculty of Humanities, Social Science & Education, FHW）

9、经济学和管理学学院（Faculty of Economics and Management, FWW）